A Lei n.º 28/2000, de 29 de Novembro, define e regula as honras do Panteão Nacional. No Artigo 2.º, nº 1, estabelece-se que “As honras do Panteão destinam-se a homenagear e a perpetuar a memória dos cidadãos portugueses que se distinguiram por serviços prestados ao País, no exercício de altos cargos públicos, altos serviços militares, na expansão da cultura portuguesa, na criação literária, científica e artística ou na defesa dos valores da civilização, em prol da dignificação da pessoa humana e da causa da liberdade.
A designação dos vultos nacionais a merecer homenagem no Panteão nacional foi uma das atribuições da Comissão Consultiva para as obras de Santa Engrácia, constituída em finais de 1965, sob a presidência do historiador Damião Peres.
Para a Nave Central a escolha recaiu sobre Camões, Vasco da Gama, D. Nuno Álvares Pereira, Afonso de Albuquerque, Pedro Álvares Cabral e o Infante D. Henrique, tendo-se optado por uma solução memorial apenas evocativa, com base em cenotáfios, sem a presença física dos restos mortais.
Para as salas tumulares, nos cunhais do templo, foi acordada a transferência das personalidades sepultadas na antiga sala do Capítulo do Mosteiro dos Jerónimos, a saber: os antigos presidentes da República, Teófilo Braga, Sidónio Pais e Óscar Carmona, e os escritores Almeida Garrett, João de Deus e Guerra Junqueiro.
Almeida Garrett (1799-1854)
Os restos mortais de João Baptista da Silva Leitão de Almeida Garrett foram depositados no Mosteiro dos Jerónimos no ano de 1903. Foram trasladados para Santa Engrácia em 1 de dezembro de 1966, aquando da inauguração do monumento como Panteão Nacional.
João de Deus (1830-1896)
João de Deus de Nogueira Ramos foi sepultado na capela do batistério do Mosteiro dos Jerónimos no ano da sua morte, sendo inumado para o Panteão Nacional em 1 de dezembro 1966.
Guerra Junqueiro (1850-1923)
Abílio Manuel de Guerra Junqueiro faleceu a 7 de julho de 1923 e teve exéquias fúnebres nacionais para o Mosteiro dos Jerónimos, de onde foi conduzido para o Panteão Nacional em 1 de dezembro de 1966.
Teófilo Braga (1843-1924)
Joaquim Teófilo Fernandes Braga, falecido com 81 anos, foi sepultado na sala do Capítulo do Mosteiro dos Jerónimos, sendo trasladado para o Panteão Nacional em 5 de dezembro de 1966.
Óscar Carmona (1869-1951)
António Óscar de Fragoso Carmona foi sepultado no Mosteiro dos Jerónimos e trasladado para o Panteão Nacional a 5 de dezembro de 1966.
Sidónio Pais (1872-1918)
Sidónio Bernardino Cardoso da Silva Pais faleceu em 14 de dezembro de 1918, sendo sepultado no Mosteiro dos Jerónimos e, em 5 de dezembro de 1966, trasladado para o Panteão Nacional.
